מרפאות לבריאות הנפש פועלות מטעם משרד הבריאות ומציעות מגוון שירותים טיפוליים. שירותים טיפוליים אלו מספקים מענה הן לפניות דחופות במצבי חירום נפשיים והן לקשיים שוטפים איתם מתמודדים אנשים רבים. הצוותים הפועלים במסגרת מרפאות בריאות הנפש כוללים פסיכיאטרים, עובדים סוציאליים, פסיכולוגים, מטפלים באומנויות וצוותים סיעודיים המציעים מספר שירותים טיפוליים:

• מיון פסיכיאטרי: חלק ממרפאות בריאות הנפש מציעות מיון פסיכיאטרי הפועל 24 שעות ביממה ומספק מענה לפניות דחופות ומצבי משבר אקוטיים. במהלך הפנייה למיון הפסיכיאטרי יערכו אבחון ראשוני והערכת מצבו הנפשי ומסוכנותו של הפונה לעצמו ולסביבתו. חלק מן הפונים יופנו בעקבות פנייתם לאשפוז במחלקות הפסיכיאטריות וחלקם יקבלו "עזרה ראשונה נפשית" ויופנו להמשך טיפול במרפאה או בקהילה.
• אבחון והערכה: במסגרת המרפאות לבריאות הנפש ניתן לעבור ראיונות קליניים ואבחונים פסיכו-דיאגנוסטיים אשר יאתרו את מוקד הקושי ויביאו לבחירת הטיפול המתאים.
• טיפול פסיכיאטרי: במרפאות בריאות הנפש פועלים פסיכיאטרים המציעים טיפולים תרופתיים המלווים במעקב רפואי ופסיכוסוציאלי.
• טיפול פסיכותרפויטי: בהתאם לקשיים מהם סובל הפונה מותאם לו טיפול פסיכולוגי פרטני, קבוצתי ו/או משפחתי. כמו כן, בהתאם לאופיים של קשיים אלו ולהעדפותיו של המטופל ניתן לבחור בטיפולים דינמיים, קוגניטיביים התנהגותיים או טיפולים פארא פסיכולוגיים.